Thông tư số 133/2017/TT-BTC nêu rõ, chữ ký số sử dụng trong giao dịch điện tử (GDĐT) với Kho bạc Nhà nước (KBNN) (trừ chữ ký số trong trong thanh toán điện tử liên ngân hàng quy định tại Khoản 3 Điều này) là chữ ký số tương ứng với chứng thư số được tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng cấp hoặc được cấp bởi tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số chuyên dùng phục vụ các cơ quan thuộc hệ thống chính trị.
Việc sử dụng chữ ký số giữa các đơn vị giao dịch với KBNN được thực hiện theo quy định sau: Trước khi sử dụng chữ ký số để thực hiện các GDĐT với KBNN, các đơn vị giao dịch phải thông báo chữ ký số của các cá nhân liên quan thuộc đơn vị giao dịch tham gia GDĐT với KBNN. Chữ ký số của các cá nhân tham gia GDĐT với KBNN phải gắn với từng chức danh tham gia và theo từng loại giao dịch cụ thể.
Chữ ký số được thông báo để ký chức danh chủ tài khoản hoặc người được ủy quyền (chữ ký thứ nhất): kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán hoặc người được ủy quyền (chữ ký thứ hai) trên các chứng từ chuyển tiền qua Trang thông tin dịch vụ công của KBNN phải là chữ ký số tương ứng của người đã được KBNN chấp thuận ký chữ ký thứ nhất và ký chữ ký thứ hai trong hồ sơ mở và sử dụng tài khoản của đơn vị giao dịch theo quy định tại Thông tư số 61/2014/TT-BTC ngày 12/5/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn đăng ký và sử dụng tài khoản tại KBNN trong điều kiện áp dụng hệ thống thông tin quản lý ngân sách và kho bạc.